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Es necesario desarrollar un nuevo sistema agrícola más sostenible que permita aumentar la producción sin comprometer la salud humana y animal y preservando recursos esenciales como el suelo, el agua y la diversidad. Los bioinoculantes pueden ser una herramienta para favorecer esta transición, ya que pueden sustituir o complementar a los agroquímicos que no cumplen las premisas anteriores. Destacan por su potencial los bioinoculantes generados a partir de hongos filamentosos endofíticos y hongos micorrícicos, ya sean utilizados individualmente, en combinación entre sí o con otros microorganismos. Esta revisión ofrece información sobre cómo se ha demostrado que los bioinoculantes basados en estos microorganismos aumentan el rendimiento y la calidad de los cultivos mediante estrategias como el incremento de la absorción de nutrientes o de los niveles de determinadas fitohormonas. En cómo pueden promover la tolerancia a estreses abióticos, incluyendo metales pesados, temperaturas elevadas, salinidad o sequía, a través de estrategias, como la acumulación de sustancias osmorreguladoras o el aumento de la superficie radicular de la planta, entre otras. Y por último, en la capacidad de proteger a la planta frente a patógenos y plagas, ya sea induciendo sistemas de defensa, compitiendo por espacio o sintetizando metabolitos con actividad antibiótica. Cabe señalar que, aunque ya existen productos comerciales que utilizan estos microorganismos con fines agrícolas, como agentes de control biológico o bioestimulantes, se espera que un conocimiento más profundo de los mecanismos de acción de los microorganismos, junto con la mejora de los procesos técnicos de producción, conduzca a productos más eficaces, seguros y baratos.